עדכון בספרייה של גוגל - Google Directory הביא לבלבול בקרב מנהלי אתרים בנוגע לאי התאמה בניקוד ה-PageRank. במשך חודשים עולות השערות סביב הירידה הנראית בתוצאות ה-PR בסרגל הכלים של גוגל. נראה היה כי הירידה בניקוד נבעה מעונשים הקשורים לקנייה ומכירה של קישורים , שיטה אותה גינתה ענקית החיפוש במפגין.

אך מנהלי אתרים מדווחים שהבלבול הגדול מכל היה שלמרות הניקוד שצנח בסרגל הכלים, לא נראה כי העניין השפיע על הדירוג בתוצאות החיפוש. כפי הנראה, גוגל עדכנה את הספריה שלה ב-8 בינואר יחד עם תוצאות PageRank הגבוהות משמעותית מהרשום בסרגל הכלים. נטען שגוגל עדכנה את הספרייה היישר מ-DMOZ וכתוצאה מכך נוצרה אי התאמה בין הניקוד בסרגל הכלים לניקוד בספרייה, בארי שוורץ סיפק דוגמה לאתר בו ניקוד ה-PageRank הוא 4 בסרגל הכלים ו-7 ב-Google Directory.

ישנן מספר תאוריות בנוגע למתרחש, אנדי בירד מסביר את הבעייתיות של המצב עבור מפרסמים המבקשים לאמוד את ערכו האמיתי של אתר: "נראה שגוגל השתמשו במערכת הנתונים האמיתית שלהם עבור תוצאות ה-PageRank ב-Google Directory, ושכחו שהם מספרים שקרים למליוני המשתמשים בסרגל הכלים שלהם עם עונשים ידניים, שעד כה לא לא קיבלו הוכחה נראית לעין. לגוגל יש את הזכות לעשות כרצונם במנוע החיפוש שלהם, אך זו דוגמה רצינית נוספת לצורה בה גוגל מפעילה מניפולציות על דעת הציבור והמפרסמים."