כשבועיים לאחר השקת Desktop3 למשתמשים פרטיים, גוגל משיקה את Desktop3 לארגונים. גרסת הארגונים כוללת את כל מאפייני הגירסא הפרטית, אך גם כוללת תכונות מסוימות של אבטחה,  שאינן מופיעות בגירסא למשתמש הפרטי שעוררה חששות בנוגע לפגיעה בפרטיות המשתמשים. גרסת הארגון כוללת שליטה מוחלטת של האדמינסטרטור שיכול לבחור שלא להפעיל תכונות מסוימות של האפליקציה בהתאם למדיניות הארגון. באופן זה ניתן לבטל תכונה בעייתית כמו חיפוש בין מחשבים שיכולה לאפשר לעובדים לשלוח קבצים ממקום העבודה לביתם. כמו כן גירסא זאת דורשת אישור לסוג המידע שיכול להישמר בשרתי החברה.
על מנת להרגיע את הרוחות שהתעוררו בעקבות הטענה לסכנה לפרטיות המשתמשים ואזהרת ארגון החזית האלקטרונית EFF מפני השימוש בתוכנה, גוגל מודיעה כי המידע הנשמר על שרתי החברה במסגרת פעולת התוכנה הוא מוצפן ורק לקומץ מעובדיה קיימת גישה אליו.